菌肥是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土着微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。作为化肥的替代品，有机肥与生物菌肥是有机农业和绿色农业的基础之一，由于两者各有不足，目前已经出现并迅速推广一种兼有两者优点的肥料生物有机肥。
生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤，促使被土壤固定的养分释放。菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提高土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。