复合微生物菌肥是根据植物营养学和生态学原理，采用现代生物发酵工程技术和自动化生产流水线研制开发的一种新型生物肥，该肥施入土壤中可增加土壤有益微生物的数量和活性，改善农作物的营养条件，刺激农作物生长和抑制有害微生物活动，从而对农作物产生增产效果，减少化肥用量，起到改善农产品品质，保护和净化土壤环境的作用，具有肥效显著，养分全面，比例协调的特点，用它生产出的农产品都符合绿色食品的标准。
化肥和复合肥是向作物提供可以直接吸收的速效养分，肥效发挥快，但它的成分相对起来较单一，而且大量施用易使土壤板结，生产的农产品对人体健康有影响。
有机肥料是一种复杂的混合物，它的种类多，主要成分为有机质，也就是蓄禽粪便和植物桔杆等，成份较复杂。有机肥料中，有可被作物直接吸收的养分，也有需要经微生物分解后才可转化为植物能吸收利用的养分，有时也含对作物有害的元素和有害病菌容易使作物产生病害，故施用此肥需经过一定的处理措施复合，复合微生物肥料的好处较费时。