1.承印材料和油墨使用问题
组合印刷系统结合了不同方式的印刷技术，不同方式的印刷技术要求承印材料的印刷适性也不同。通常比较合适的方法是对要用的承印材料的印刷适性进行改善，使之能满足混合印刷的要求特别是叠印的要求，充分考虑选用的承印材料、油墨的印刷适性能否相互兼容。
油墨有时也会跟其他印后整饰工艺如烫印、喷墨和激光印字的图文产生不兼容的问题。因此，一般在印刷前要对油墨进行兼容性的测试，了解油墨及其他耗材的性能。组合印刷的操作人员必须经过正规配色培训，如网印墨与柔印墨进行配色往往会发生问题，因此，要注意选用合适的油墨。一般来说，网印组合印刷以选用UV油墨为好，因UV油墨的固化过程非常稳定，只需从UV灯下照一下就能完成。
2.速度匹配问题
在组合印刷机上，印刷速度总是受掣于组合中速度最慢的一个机组。丝网印刷的速度较慢，由于受油墨及干燥性能等因素的限制，一般轮转丝网印刷的速度通常控制在80～150英尺/分钟。轮转柔印的速度可达300英尺/分钟以上，因此，在柔印-网印组合印刷中，要适当降低柔印机的速度，保持与网印速度的一致性。对于单张纸印刷机来说，可以通过为高速印刷机组并联上两个或三个低速印刷机组来解决速度匹配问题，如通过一个分纸装置把从高速印刷机组出来的印张分成两列或三列再分别进入相应的低速印刷机组。但此法并不适用于轮转印刷机。速度匹配问题还是要依赖低速印刷机组的速度提高。
3.标准化问题
组合印刷系统各印刷机组存在一个是按照统一标准设计还是按各自的标准设计的问题。按统一标准设计，各个印刷机组之间能很好地协调工作，但缺乏灵活性，独立作业时可能会遇到很多麻烦；按各自标准设计的组合印刷机组，各机组保持很大的灵活性，可以联机作业也可以独立作业，但协调性不高，印刷过程中可能会出现某些不匹配的问题。此问题的最终解决，一要依靠行业标准的出台，二要依靠组合印刷系统不同的取舍。
4.丝网印刷本身存在的问题
网印的特点是墨层厚实，用墨量相对较大，这给油墨的干燥带来很大的困难。干燥时间明显地要比其他印刷方法长，生产效率相对来说降低了。这些无形中造成生产成本的增加。另外，从生产控制和质量角度来说，网印的精度和质量稳定性比胶印、柔印和凹印都要稍逊一筹。