1）霉菌毒素问题：DDGS水分含量高，谷物已破损，霉菌容易生长，因此霉菌毒素含量很高，可能存在多种霉菌毒素，会引起家畜的霉菌毒素中毒症。导致免疫低下易发病，生产性能下降。所以必须用防霉剂和广谱霉菌毒素吸附剂。
2）因为DDGS中不饱和脂肪酸的比例高，容易发生氧化，对动物健康不利，能值下降，影响生产性能和产品质量如胴体品质、牛奶质量，所以要使用抗氧化剂。
3）抗营养因子：DDGS米糠中的纤维含量高，单胃动物不能利用它，所以使用酶制剂提高动物对纤维的利用率。另外有些产品可能有植物凝集素、棉酚等，加工后活性应大幅度降低。