登山鞋的鞋底一般分为内底和外底。为了舒适性，内底要根据人的脚型设计，常选用较软的尼龙材料制成，也称弹性内垫，有的内底里面加了一条较薄的钢板，涂上防腐材料，再垫一块皮子，这样保证了舒适的同时，增加了稳定性。
有些登山鞋在内底和外底之间增加了一层中底，通常选用尼龙合成材料构成，其中的微孔结构可以起到很好的防震缓冲作用。
外底的材料一般选用合成橡胶，当然不同品牌会有差异，很多中高档品牌的登山鞋，都用的是Vibram鞋底（意大利），用的是坚硬的合成橡胶，并且底部有不规则凹槽，可以提供很大的摩擦力，防滑性非常好，并且本身材料非常耐磨。当然现在很多登山鞋的Vibram鞋底加入很多附加材料和结构以达到更高的性能，例如防震微孔、高强度的碳纤维。