降低饲料企业生产成本
豆粕饲料能替代鱼粉和乳清粉的功能，可以降低对高价位动物源蛋白的需求。在鱼粉价格暴涨的时候，发酵豆粕搭配饲料完全可以应对。
发酵豆粕技术研究成果汇报称，发酵豆粕产品在饲料中使用量一般为5%，每吨添加有发酵豆粕的饲料代替鱼粉等动物性蛋白平均可降低饲料成本约20元。
农科院专家也表示，使用质量好的发酵豆粕产品的确可以少加甚至不加鱼粉和乳清粉，配方上要做适当调整，一般的配方师都会这么做。
鱼粉是很好的蛋白原料，其优点是营养全面，消化吸收率高，但缺点是价格昂贵，且因为来自动物，携带致病菌的危险性大大增加。而发酵豆粕的优点是价格相对低廉，除提供蛋白质外还可以提供一些有利于调节胃肠道平衡的有益菌、乳酸，其中的小肽还可以直接被吸收。它既是优质蛋白又是益生素。同时由于有益菌的作用使得养殖环境大大改善，降低畜禽粪便臭味，减少水生动物养殖水环境的氨氮及亚硝酸盐含量，这一作用是鱼粉所不具有的。
当然能够替代蛋白的品种很多，今后会更多，从目前可以选择的替代蛋白源来看，就优质鱼粉、血浆蛋白、肠膜蛋白、奶蛋白、蛋粉、 大豆 浓缩蛋白这几个来说，发酵豆粕是性价比最好的，这也是产品被市场普遍接受的原因。
发酵豆粕动物吸收率高
农科院专家表示在蛋白质消化方面， 仔猪对发酵豆粕的吸收超过对普通豆粕的吸收率10%，极大减少了浪费。
经过豆粕发酵剂处理能大幅度消除豆粕中的抗营养因子，是发酵豆粕吸收率高的主要原因。有研究显示，豆粕中存在10多种抗营养因子，如胰蛋白酶抑制剂、植酸、 大豆 凝血素、脲酶、低聚糖、脂肪氧化酶、大豆抗原蛋白(致敏因子)及致甲状腺肿素等。在数天的发酵过程中，大部分抗营养因子会被消解掉。