种蛋的消毒方法很多，在生产中常用又方便操作有：(1)甲醛熏蒸：用40%的甲醛溶液和高锰酸钾按比例混合产生气体可迅速有效的杀死病原体。第一次、第二次按每立方米用42ml甲醛加2lg高锰酸钾熏蒸20分钟，可杀死95%～98%的病原体;第三次在入孵器内按每立方米用28ml甲醛溶液、14g高锰酸钾消毒;第四次按每立方米用14ml甲醛溶液、7g高锰酸钾的浓度进行雏鸡熏蒸消毒。(2)过氧乙酸熏蒸：按每立方米用过氧乙酸溶液50ml、高锰酸钾5g熏蒸15分钟，可快速有效杀死大部分病原体。当然大型种鸡场还可用洗蛋消毒液，进行消毒。
种蛋消毒完后马上放入干净的蛋库保存，防止再次被细菌污染。