清理工序一般包括初清、
除稗、去石、磁选等工序，其加工工艺流程为：
原粮——初清——除稗——去石——磁选——净谷
第一步：初清
初清的目的是清楚稻谷中比较容易清除的杂质，如形状大小与谷粒差异很大的稻秆、杂草种子等，并加强风选以清除大部分灰尘。需要指出的是，我国稻谷中所含大杂志，常具有长而软、呈纤维状的特点，这类杂志如不首先清楚，将会堵塞自溜管与加工设备、称重设备的进口或出口，或缠绕在设备主要工作部件上，严重影响生产的正常进行，初清不仅有利于充分发挥以后各道工序的工艺效果，而且有益于改善卫生条件。
初清主要采用筛选、风选，或风筛结合，即借助静止或运动的筛面进行筛选，或者利用稻谷和杂志的悬浮速度等空气动力学性质的差异进行风选，附带除去瘪谷和带芒果等一类的轻型杂志。清理设备有带金属筛面的初清筛和自衡震动筛等。
第二步：除稗
除稗的目的是清楚原粮中所含的稗子，以免影响成品质量。由于稗子与谷粒的大小不同，多用于筛选的方法分离。最有效的是高速除稗筛，它利用高速震动的筛面，按谷稗籽粒大小不同，使谷、稗分开，其次是跳筛、横动筛、圆筛和溜筛等，对于带芒稗子还可采用选法。为了提高除稗效率，使用几台除稗设备组成一套备有主路和副路的出稗工艺流程，主路用于撇谷，副路用于提稗。若副路稻谷中含稗率特高，则应送下脚整理工序。
如果加工的原粮中含稗数量很少，少数稗子可在其他清理工序或砻谷工段中解决时，就可以不必设置除稗工序。
十一月东北新五常大米成熟之后，稻谷清理的步骤，工序
第三步：去石
去石的目的是清楚稻谷中所含的并肩石。“并肩石”石指混入稻谷中粒形，大小与稻谷粒相似的杂质。并肩石用筛选法不能除去，必须采用专门的去石工序才能有效地清除。去石工序一般设在清理流程的后段，这样可通过前面几个工序将稻谷中所含的小杂、稗子及糙碎清楚，避免去石工作面的鱼鳞孔堵塞，保证良好的工艺效果。
去石设备常采用吸式比重去石机及吹式比重去石机。使用吸式比重去石机时，去石工序也可设在初清工序之后，除稗工序之前，好处是可以借助吸风等作用清楚部分张壳的稗子及轻杂，既不会影响去石效果，又对后道除稗工序有利。
第四步：磁选
磁选的目的是清楚稻谷中的磁性杂质，如铁钉、螺丝帽等铁件。磁选安排在初清之后、摩擦或打击作用较强的设备之前。一方面，可使比稻谷大的或小的磁性杂志先通过筛选除去，以减轻磁选设备的负担，另一方面，可避免损坏摩擦作用较强的设备，也可避免因打击起火而引起火灾，常用磁选设备有溜管吸铁装置，吸铁箱。永磁滚筒和电磁式磁选机等。