牧草种子的生产具有很强的专业性，为防止牧草种子混杂，应认真落实《草种管理办法》，具体要从如下几个方面采取控制措施。
调运前后，严格检查欲引入栽培的牧草种子，在调运前，要进行严格的检查，检查的主要项目是牧草品种的纯净度，一般要求纯净度为98%以上。其中，必须注意有无检疫性杂草，这是防止物种侵害的重要措施。符合标准要求的种子，可以调运并引种繁殖，不符合标准要求的，则应进行必要的清选或不能调运、引种。
分片种植，合理轮作在种植两种或两种以上的牧草品种时，为了防止生物学混杂，必须搞好种植布局结构调整，一般情况下，不同品种的牧草，田间间距应达到200米~400米。为了防止机械混杂，可以在两种植地段间，留出25米~30米的保护地带，在保护地带上种植容易区分的其他作物；在收获牧草时，边行牧草要分开收割和运输，其种子不能留作种用。
有些品种的牧草种子十分相似，用肉眼不好区分，如碱草种子、草地狐茅种子、多年生黑麦草种子、冰草种子之间，无芒雀麦种子、高燕草种子之间，各种早熟禾种子之间，三叶草种子、苜蓿种子、草木犀种子之间，都不好区分，而且很多牧草种子成熟时的牧草品种落粒性又很强，因此，生产上应注意搞好轮作安排，在同一地块上种植两种不易区分的牧草，应间隔2年~3年或更长的时间。
错开播期，分批收获为了防止种子混杂，可以在保证种子正常成熟的前提下，根据牧草开花期、结实期和成熟期的差别，错开不同品种牧草的播种期。同时，要注意加强牧草的田间管理，特别是在抽穗开花前，及时拔除或连根挖除不具备本牧草品种特性的植株，以保证牧草的纯度。
为防止在收获时造成种子混杂，在晾晒之前，应将晒场进行彻底清扫，不同品种的牧草，存放处、晾晒处、脱粒处一定要严格分开。脱粒一种牧草种子后，脱粒机必须经过彻底的清理，方可脱粒另一种。运输牧草种子的车辆和其他工具，也要注意进行仔细的清理。
适时采收种子的外壳（或外表）颜色变深，呈干褐色，子粒饱满、坚韧、有光泽，即为成熟的种子，可选择晴天及时采收。若采收过早，种子瘦小，发芽率低；采收过晚，种子养分消耗较多，种子容易脱落，下雨天还容易在穗上发芽，影响其产量和质量。
分批采收有些牧草的种子，如串叶松香草、籽粒苋等，穗大且多，通常边成熟边现花，采收应以腊熟为准，先采下部成熟的种穗，保留上部的现蕾花穗。采收时应用剪刀剪，不可用手拽或折，以免损伤上部和相邻的嫩花枝、花蕾及茎叶。
采后处理采收后的种子或块茎，要及时去壳去根后干燥。块茎需置阴凉处保存，不可受潮、受冻、浸水。
储藏把干燥好的种子放入罐、桶或塑料袋内，排除空气，用蜡封口后，存于阴凉处，减少病虫和鼠害发生，并保证第2年有良好发芽率。块茎也可用土埋或窖藏。