烹饪酱油和凉拌酱油是不要混用，购买酱油时，应该是看看标签上标明的是佐餐用还是烹饪用酱油，这两者卫生指标是不同的。凉拌酱油又之为佐餐酱油，是可直接入口，主要的用途就是凉拌，卫生指标较好;烹饪用酱油不能直接入口了，只能够用于烹饪炒菜用。很多的消费者将烹饪酱油和凉拌酱油混用，以为没有问题，其实是有健康风险的。烹饪酱油的细菌总数比凉拌酱油略高，如果长期把烹饪酱油当凉拌酱油用，并且人的身体抵抗力较弱，容易患胃肠炎等疾病。注意酱油加进菜肴的时间，专家建议，要注意酱油加入菜肴的时间。烧鱼、烧肉，酱油要早点加；炒青菜等一般的炒菜，最好在菜肴即将出锅前加进少许酱油，这样可以避免锅内的高温破坏氨基酸，并且酱油中的糖分也不会焦化变酸。有些人不在菜肴烹饪时，把酱油加在锅里，而喜欢将菜肴起锅后，再直接加进酱油。这样做必须用质量较高的、 细菌总数达标的酱油才行，最好不要使用不能直接入口的烹饪酱油。
简便方法防止酱油发霉，酱油的储存也要费心思，为了有效防止酱油发霉长白膜，可以往酱油中滴几滴食油、放几瓣去皮大蒜，或者滴几滴白酒，都能起到比较好的防霉作用。